E-Rechnung für Onlinehändler:
Pflichten, Fristen
und was im E-Commerce wirklich zählt

Stand: August 2026 · Grundlage: BMF-FAQ zur E-Rechnung (Stand März 2026) und BMF-Schreiben vom 15. Oktober 2024 und 15. Oktober 2025

Seit dem 1. Januar 2025 ist die E-Rechnung im deutschen B2B-Geschäft Realität – und kaum eine Branche ist davon so unmittelbar betroffen wie der Onlinehandel. Wer über Amazon, eBay, Etsy oder den eigenen Shopify-Shop verkauft, hat es täglich mit hunderten Belegen, Marktplatz-Gutschriften und grenzüberschreitenden Transaktionen zu tun. Genau hier entscheidet sich, ob die E-Rechnungspflicht zum Verwaltungsalbtraum wird oder zum Automatisierungsgewinn.

Diese Seite bündelt alles, was Onlinehändler und E-Commerce-Unternehmen jetzt wissen müssen: ab wann die Pflicht für wen gilt, welche Übergangsfristen laufen, was XRechnung und ZUGFeRD unterscheidet – und wie E-Rechnungen bei Verkäufen über Amazon, eBay und Shopify in der Buchhaltung sauber landen.

Was ist eine E-Rechnung – einfach erklärt

Eine E-Rechnung ist eine Rechnung in einem strukturierten elektronischen Format nach der Norm EN 16931, das eine automatische elektronische Verarbeitung ermöglicht – eine einfache PDF per E-Mail zählt seit 2025 nicht mehr dazu. In Deutschland haben sich dafür zwei Formate etabliert: die XRechnung (ein reines XML-Format) und ZUGFeRD (ein Hybridformat, das eine für Menschen lesbare PDF mit eingebetteten XML-Strukturdaten kombiniert).

Alles andere – klassische Papierrechnungen ebenso wie einfache PDFs – zählt seit der Neuregelung durch das Wachstumschancengesetz nur noch als „sonstige Rechnung“ und darf im B2B-Geschäft nur noch übergangsweise verwendet werden.

Ab wann gilt die E-Rechnungspflicht – und für wen?

Die E-Rechnungspflicht gilt seit dem 1. Januar 2025 für alle Umsätze zwischen inländischen Unternehmen (B2B); empfangen können müssen alle Unternehmen seither, für die Ausstellung gelten Übergangsfristen bis Ende 2027. Für Onlinehändler heißt das: Rechnungen an Geschäftskunden, an andere Händler, aber auch eingehende Rechnungen von Dienstleistern, Agenturen, Logistikern oder Softwareanbietern fallen darunter. Verkäufe an Privatkunden (B2C) sind von der Pflicht ausgenommen – hier bleibt die PDF- oder Papierrechnung zulässig.

Wichtige Ausnahmen, die gerade im Onlinehandel greifen: Kleinbetragsrechnungen bis 250 Euro brutto (§ 33 UStDV) müssen nie als E-Rechnung ausgestellt werden – bei vielen kleinteiligen Bestellungen eine erhebliche Entlastung. Ebenfalls ausgenommen sind Fahrausweise, Leistungen von Kleinunternehmern (§ 34a UStDV), viele steuerfreie Umsätze (§ 4 Nr. 8–29 UStG) sowie Leistungen an juristische Personen, die keine Unternehmer sind.

Und: Entscheidend ist der Zeitpunkt des Umsatzes, nicht der Rechnungsstellung. Für vor dem 1. Januar 2025 ausgeführte Umsätze darf auch nachträglich noch nach den alten Regeln fakturiert werden.

Der Zeitplan im Überblick:

Wichtig für die Praxis: Die Empfangspflicht gilt bereits jetzt und ist nicht verhandelbar. Wenn euch ein Lieferant eine XRechnung schickt, könnt ihr sie nicht mit Verweis auf fehlende Technik zurückweisen – ein E-Mail-Postfach und eine Möglichkeit zur Verarbeitung und Archivierung genügen als Minimum, sind aber keine Dauerlösung.

XRechnung, ZUGFeRD & Co.: Welches Format für Onlinehändler?

Zulässig sind alle Formate nach EN 16931 – in Deutschland vor allem XRechnung und ZUGFeRD ab Version 2.0.1 (außer den Profilen MINIMUM und BASIC-WL). Für die Umsatzsteuer ist grundsätzlich unerheblich, welches der zulässigen Formate ihr nutzt – entscheidend ist, dass der Sachverhalt eindeutig aus den strukturierten Daten hervorgeht. In der E-Commerce-Praxis haben beide Formate ihren Platz:

ZUGFeRD ist für viele Händler der pragmatische Einstieg, weil das Hybridformat weiterhin eine lesbare PDF-Ansicht bietet und sich gut in bestehende Prozesse integriert. Zulässig ist ZUGFeRD ab Version 2.0.1 – mit Ausnahme der Profile MINIMUM und BASIC-WL, die die umsatzsteuerlichen Anforderungen nicht erfüllen. Wichtig seit Einführung der Pflicht: Bei hybriden Formaten ist der strukturierte XML-Teil führend. Weichen PDF-Ansicht und XML-Daten voneinander ab, gelten die strukturierten Daten – das bisherige Verhältnis hat sich damit umgekehrt.

XRechnung ist Pflicht, wenn ihr an öffentliche Auftraggeber fakturiert (B2G) – dann braucht ihr zusätzlich die Leitweg-ID des Empfängers. Im B2B-Geschäft ist keine Leitweg-ID erforderlich; verlangt ein Format das Feld dennoch, genügt laut BMF ein Platzhalter (z. B. „-„).

Daneben können Rechnungsaussteller und -empfänger auch andere strukturierte Formate vereinbaren, sofern sich alle umsatzsteuerlichen Pflichtangaben richtig und vollständig extrahieren lassen – so bleiben etwa etablierte EDI-Verfahren wie EDIFACT dauerhaft nutzbar.

Aktuell: BMF klärt vier Praxisfragen zur E-Rechnung

Das Bundesfinanzministerium hat sich 2026 zu vier praxisrelevanten Zweifelsfragen geäußert – hier übersetzt in den Händleralltag:

1. Leistungsbeschreibung: Die Beschreibung muss bereits im strukturierten Datenteil so präzise sein, dass eine Kontrolle möglich ist – ein bloßer Verweis auf einen Vertrag genügt nicht. Für Händler heißt das: Artikelbezeichnungen und Leistungszeiträume gehören ins XML, nicht nur in eine angehängte PDF. Lange Positionslisten aus dem Shop-System dürfen aber als Anhang ergänzt werden.
2. Rabatt- und Bonusvereinbarungen: Steht die genaue Höhe von Boni, Skonti oder Rabatten bei Rechnungsstellung noch nicht fest, genügt ein allgemeiner Hinweis auf die schriftliche Vereinbarung – eine spätere Änderung erfordert keine Rechnungsberichtigung. Relevant für alle, die mit B2B-Kunden Jahresboni oder Staffelrabatte vereinbaren – ein häufiges Modell im Großhandel über Marktplätze.
3. Anzahlungs- und Schlussrechnungen: ZUGFeRD 2.4 extended ist umsatzsteuerlich unbedenklich, um Anzahlungen in einer Endrechnung strukturiert abzubilden. Für Händler mit Vorkasse- oder Anzahlungsmodellen (z. B. Möbel, Custom-Produkte) die praktikabelste Lösung.
4. Bußgeldrisiko (§ 26a UStG): Nur bei technischer Unlesbarkeit gilt eine Rechnung als „sonstige Rechnung“. Inhaltliche Fehler – etwa ein falscher Steuersatz bei einer Marktplatz-Transaktion – machen sie ggf. nicht ordnungsmäßig, das Bußgeldrisiko stellt sich laut BMF aber nicht in gleicher Schärfe. Die Finanzämter sind für die Übergangsphase für eine verhältnismäßige Anwendung sensibilisiert.

E-Rechnung bei Amazon, eBay, Etsy und Shopify

Für Marktplatz- und Shop-Händler gilt: B2B-Rechnungen fallen unter die E-Rechnungspflicht, B2C-Verkäufe nicht – entscheidend ist also, ob der Käufer Unternehmer ist. Hier liegt die eigentliche Komplexität für Onlinehändler – und der Grund, warum allgemeine E-Rechnungs-Ratgeber im E-Commerce zu kurz greifen:

Praxistipp Sammelrechnung: Auch in einer E-Rechnung darf der Kalendermonat als Leistungszeitpunkt angegeben werden (§ 31 Abs. 4 UStDV). Mehrere Leistungen an denselben Geschäftskunden innerhalb eines Monats lassen sich also in einer einzigen E-Rechnung bündeln – bei wiederkehrenden B2B-Bestellungen ein spürbarer Effizienzgewinn.

Sonderfall ausländische Händler: Ausländische Unternehmer, die in Deutschland nur umsatzsteuerlich registriert sind, aber keine feste Niederlassung haben, unterliegen der Ausstellungspflicht nicht. Sie können auf diesen Umstand in der Rechnung hinweisen – und ihr dürft euch als Empfänger bei kaufmännischer Sorgfalt auf diese Angabe verlassen. Für alle, die von ausländischen Marktplatz-Partnern oder Lieferanten beziehen, eine wichtige Klarstellung.

Hinzu kommt die Eingangsseite: Marktplatzgebühren-Abrechnungen, Fulfillment-Rechnungen und Software-Abos erreichen euch zunehmend als E-Rechnung und müssen strukturiert verarbeitet und GoBD-konform archiviert werden.

E-Rechnungen erstellen, empfangen, prüfen und archivieren

Ein rechtssicherer E-Rechnungsprozess umfasst vier Schritte: strukturierte Erstellung, definierter Empfangskanal, technische Validierung und achtjährige Archivierung im Originalformat (§ 14b UStG). Vier Prozessschritte, die jeder Onlinehändler sauber aufsetzen sollte:

Erstellen: Für einzelne Belege reichen kostenlose Tools und Portale; wer skaliert, braucht eine Lösung, die E-Rechnungen automatisiert aus Bestell- und Transaktionsdaten erzeugt – idealerweise direkt aus den Marktplatz- und Shop-Daten.

Empfangen: Ein definierter Eingangskanal (z. B. ein zentrales Rechnungspostfach) plus automatisiertes Auslesen der XML-Daten verhindert, dass Belege in Team-Postfächern verloren gehen.

Prüfen und validieren: Vor der Verbuchung sollte jede eingehende E-Rechnung technisch validiert werden (Schema, Geschäftsregeln). Eine Validierung ist zwar keine Voraussetzung für den Vorsteuerabzug, hilft aber, Fehler früh zu erkennen – das BMF empfiehlt sie ausdrücklich bereits bei Erstellung und Versand. Zum reinen Sichtbarmachen von XRechnungen und ZUGFeRD-Belegen stellt die Finanzverwaltung inzwischen einen kostenlosen E-Rechnungsviewer über ELSTER bereit (e-rechnung.elster.de); bei Volumen gehört die Prüfung in den automatisierten Workflow.

Archivieren: E-Rechnungen sind acht Jahre aufzubewahren (§ 14b UStG) – und zwar so, dass zumindest der strukturierte Teil unversehrt in seiner ursprünglichen Form vorliegt. Eine ausgedruckte oder als PDF abgelegte Kopie genügt dafür nicht. Immerhin stellt das BMF klar: Allein die Speicherung außerhalb eines GoBD-konformen Systems ist umsatzsteuerlich regelmäßig noch kein Verstoß gegen die Aufbewahrungspflicht.

So löst TAXDOO die E-Rechnung im E-Commerce – als Teil der vollständigen Buchhaltung

TAXDOO stellt Onlinehändlern eine vollständige Finanzbuchhaltung als Service-as-a-Software bereit – ein Buchhaltungsservice, der über Software ausgeliefert wird: KI erledigt die Arbeit, Experten prüfen laufend. E-Rechnungen sind darin kein Sonderfall, sondern Teil des Belegflusses. Konkret sieht der Ablauf so aus:

1. Anbindung: Amazon, Shopify, eBay & Co. sowie Zahlungsdienstleister werden per Schnittstelle verbunden – Transaktions- und Belegdaten fließen automatisch ein, ohne manuelle Exporte.
2. Vollständige Buchhaltung: Jede Einzeltransaktion wird umsatzsteuerlich gewürdigt (B2B/B2C, OSS, Reverse Charge), ein- und ausgehende Belege – vom Marktplatz-Umsatz bis zum Bewirtungsbeleg – werden von der KI verarbeitet und laufend von Experten (Bilanzbuchhaltern, Steuerberatern, Ex-Betriebsprüfern) geprüft. E-Rechnungen werden dabei strukturiert erfasst und revisionssicher archiviert.
3. Deklaration: Auf Basis dieser geprüften Buchhaltung gibt der Händler die Umsatzsteuer-Voranmeldung direkt aus dem TAXDOO Dashboard selbst ab – mit Vorschau, Fälligkeitsübersicht und vollständiger Berechnung aus allen Einzeltransaktionen.

Und was ist mit dem Steuerberater?

TAXDOO ersetzt nicht den Steuerberater, sondern übernimmt die laufende, transaktionsintensive Buchhaltung – Kanzleien behalten transparenten Zugriff auf alle Einzeltransaktionen, etwa für Jahresabschluss und Gestaltungsberatung. Gerade kleine Händler finden kaum noch spezialisierte Kanzleien, die E-Commerce-Datenmengen wirtschaftlich abbilden können. TAXDOO schließt diese Lücke bei der laufenden Buchhaltung und den E-Rechnungsprozessen; die verbleibende Kanzleileistung konzentriert sich auf das, was Beratung ausmacht.

Gilt die E-Rechnungspflicht auch für Kleinunternehmer?

Kleinunternehmer müssen E-Rechnungen empfangen können, sind aber von der Pflicht zur Ausstellung dauerhaft ausgenommen (§ 34a UStDV). Im Detail: Kleinunternehmer nach § 19 UStG müssen seit 1. Januar 2025 E-Rechnungen empfangen können – hier gibt es bewusst keine Ausnahme. Von der Pflicht zur Ausstellung von E-Rechnungen sind sie dagegen ausgenommen (§ 34a UStDV). Achtung beim Wachstum: Wer zur Regelbesteuerung wechselt, ist ab diesem Zeitpunkt unter den übrigen Voraussetzungen auch zur Ausstellung von E-Rechnungen verpflichtet. Der Umstieg sollte also früh geplant werden – auch, weil immer mehr Geschäftskunden strukturierte Rechnungen schlicht erwarten.